Sau khi làm Lễ Khai Đạo tại chùa Từ Lâm (Gò Kén) ngày 15 tháng 10 năm Bính Dần (Dl: 19-11-1926), chủ chùa Từ Lâm là Hòa Thượng Như Nhãn (Giác Hải) đòi chùa lại, không hiến cho Hội Thánh Cao Đài nữa, kỳ hẹn trong 3 tháng phải dời đi.

Ngày 19 tháng 1 năm Đinh Mão (Dl: 20-2-1927), tại Từ Lâm Tự, Hội Thánh được Đức Lý Giáo Tông giáng cơ quyết định trả chùa lại cho Hòa Thượng Như Nhãn, rồi dạy Hội Thánh đi chọn mua đất cất Tòa Thánh, phải chọn đất tại Tây Ninh nầy mà thôi, bởi vì Tây Ninh là Thánh địa, nơi đây phong thổ thuận tiện cho người ngoại quốc đến học Đạo.

Ngày 22 tháng 1 tháng Đinh Mão (Dl: 23-2-1927), Hội Thánh vâng theo lời chỉ dạy của Đức Lý, gặp được một miếng đất là khu rừng rậm do một người Pháp tên ASPAR làm chủ, nằm kế khu đất của ông Cao Văn Điện, bạn của Đức Cao Thượng Phẩm và sau đó đã mua được đất.

Ngày 16 tháng 3 năm 1927, các cơ quan của Đạo cũng lần lượt được xây dựng tạm với mái tranh vách đất, để có nơi làm việc và nghỉ ngơi cho chư Chức sắc. Công việc tiến hành dần dần đi vào ổn định để lo xây dựng Tòa Thánh bằng vật liệu nặng với qui mô lớn.

Tuy nhiên, trong những năm sau đó, những mâu thuẫn trong các chức sắc nảy sinh, nội bộ của Hội Thánh rạn nứt, có một số chức sắc tách riêng ra lập chi phái, trở lại công kích Hội Thánh. Việc xây dựng Tòa Thánh không thể khởi công được, mà phải gác lại nhiều năm.

Tiến trình xây cất

Tháng tháng 10 năm 1931, Đầu Sư Thái Thơ Thanh (Nguyễn Ngọc Thơ) đã đứng ra tổ chức khởi công đào móng làm nền, đào hầm Bát Quái. Công việc không tiến triển nhiều do tài chính hạn hẹp, vì thế không lâu phải tạm ngưng.

Năm 1933, Quyền Giáo tông Thượng Trung Nhựt chính thức khởi công xây dựng Tòa Thánh. Tuy nhiên cũng không tiếp tục được bao nhiêu do thiếu kinh phí. Không lâu sau thì ông lâm bệnh rồi đăng tiên vào ngày 13 tháng 10 năm Giáp Tuất (1934).

Năm 1935, Tiếp Thế Lê Thế Vĩnh vận động tiền của trong giới tín đồ, nhờ đó xây dựng được lầu Hiệp Thiên Đài, đúc cột đổ trần mái. Nhưng sau đó thì việc xây dựng cũng ngừng lại.

Ngày 14 tháng 2 năm 1936, Hộ pháp Phạm Công Tắc, bấy giờ là Chưởng quản Nhị Hữu Hình Đài, nắm quyền lãnh đạo Hội Thánh, đã huy động 500 vị Phạm Môn (tiền thân của Cơ quan phước thiện) tiếp tục khởi công xây cất Tòa Thánh. Bên cạnh đó, ông cũng yêu cầu các tín đồ khác quyên góp tiền bạc, vật liệu, lương thực, gởi về Thánh địa để việc xây dựng tạo tác Tòa Thánh không bị gián đoạn.[1]

Việc xây dựng được tiến hành liên tục trong hơn 4 năm và hầu như hoàn thành căn bản, chỉ còn phần tạo tác trang trí. Tuy nhiên, ngày 28 tháng 6 năm 1941, chính quyền thực dân Pháp lo ngại trước các hoạt động của đạo Cao Đài, nên đã cho bắt giữ Hộ pháp Phạm Công Tắc, Khai pháp Trần Duy Nghĩa và một số chức sắc cao cấp khác đày đi Madagascar. Họ cũng cho quân lính chiếm đóng chiếm đóng Tòa Thánh làm nhà xe và chỗ ở cho lính Pháp, đuổi các chức sắc và công thợ ra khỏi Thánh địa.

Mãi đến ngày 30 tháng 8 năm 1946, để tranh thủ thêm đồng minh trong cuộc chiến chống Việt Minh, chính quyền Pháp cho phép Hộ pháp Phạm Công Tắc trở về Tòa Thánh. Sau khi trở về Tòa Thánh, ông đã huy động số thợ trở lại để sửa chữa những chỗ hư hỏng của Tòa Thánh do lính Pháp gây ra, rồi tiếp tục tạo tác cho đến ngày 24 tháng 1 năm 1947 thì Tòa Thánh được hoàn thành. Tổng Giám Lê văn Bàng, các Phó Tổng Giám và Tá Lý, đại diện các công thợ Nam Nữ làm Lễ Bàn giao Tòa Thánh cho Hội Thánh và được Hội Thánh tiếp nhận.

Ngày 27 tháng 1, tức là 3 ngày sau khi làm Lễ Bàn giao Tòa Thánh, Đức Phạm Hộ pháp làm Lễ Trấn Thần Tòa Thánh.

Ngày mùng 8 tháng 1 năm Đinh Hợi (Dl: 29-1-1947), Đức Phạm Hộ pháp làm Lễ rước Quả Càn Khôn (đã gởi nơi Báo Ân Từ khi tạo tác Tòa Thánh) về thờ nơi Tòa Thánh, để khuya hôm đó, giờ Tý cúng Đại Lễ Vía Đức Chí Tôn.

Tuy nhiên, do hoàn cảnh chiến tranh, mãi 8 năm sau, Đại lễ Khánh thành Tòa Thánh và các cơ sở Đạo trong vùng Thánh địa mới được tổ chức vào dịp Đại lễ Đức Chí Tôn, mùng 9 tháng 1 năm Ất Mùi (Dl: 1 tháng 2 năm 1955[2]). Đây là một cuộc lễ vĩ đại nhứt của Đạo Cao Đài kể từ trước tới nay.